Es un instituto transversal que previene, detecta, mitiga y trata las infecciones asociadas a la atención en salud (IAAS), gestiona el uso óptimo de los antimicrobianos, la implementación de protocolos de bioseguridad y manejo de brotes en el ambiente intrahospitalario y es coparticipe en el tratamiento de las diferentes patologías, proporcionando soporte hospitalario para el tratamiento adecuado de las infecciones.  

Adicionalmente, lidera el manejo de patologías infeccionas complejas que requieren aislamiento especial y los protocolos para prevención de infecciones de los pacientes inmunocomprometidos, siendo un sitio de remisión de alta complejidad para el manejo de patologías endémicas del territorio nacional con complicaciones graves. Ofrece complementariamente medicina del viajero y vacunación del adulto.